Installiert man WordPress über den Paketmanager apt-get so erhält man WordPress über das offizielle Repository, das allerdings oft nicht die aktuellste Version enthält. Darüber hinaus wird das WordPress-eigene Update-System deaktiviert und man erhält keine Updates bspw. um Sicherheitslücken zu schließen.
Die Umstellung eines bereits installierten WordPress-Systems von einer apt-get-Installation auf eine eigenständige Installation, die auch den bordeigene Update-Mechanismus verwendet, ist auf folgender Seite hervorragend beschrieben: https://balanceofcowards.net/boc_blog/2015/01/english-switch-wordpress-installation-from-ubuntu-repositories-to-official-version/?lang=en